4月11日，党的十九届三中全会文件及辅导读物首发式在京举行。首发的4种文件读物中，由文件起草组组织编写的《〈中共中央关于深化党和国家机构改革的决定〉〈深化党和国家机构改革方案〉辅导读本》一书，收录了习近平总书记在三中全会上所作《决定》与《方案》说明稿，7位党和国家领导人权威解读文章，以及16篇省部级领导干部和有关专家解读文章，是此次全国深化机构改革的唯一官方解读文本。
值得注意的是，习近平总书记所作的“说明稿”是首次公开发布，信息量大，内容十分重磅。
关于深化党和国家机构改革决定稿和方案稿的说明
习近平
受中央政治局委托，我就《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》稿和《深化党和国家机构改革方案》稿作说明。
一、关于决定稿和方案稿起草背景和过程
党的十九大对深化机构改革作出重要部署，要求统筹考虑各类机构设置，科学配置党政部门及内设机构权力、明确职责。党的十九大闭幕后，中央政治局常委会、中央政治局决定，党的十九届三中全会专题研究深化党和国家机构改革问题，并决定成立文件起草组，由我担任组长。
改革开放以来历次三中全会都研究深化改革问题，党的十八届三中全会专门研究了全面深化改革问题。时隔5年后，党的十九届三中全会专门研究深化党和国家机构改革问题，目的是在全面深化改革进程中抓住有利时机，下决心解决党和国家机构设置和职能配置中存在的突出矛盾和问题。
党的十八大以来，党中央提出了“五位一体”总体布局和“四个全面”战略布局，并根据新形势新任务的要求不断全面深化改革。我们出台的很多改革方案，如党的领导体制改革、纪律检查制度改革、政治体制改革、法律制度改革、司法体制改革、社会治理体制改革、生态文明体制改革等，都涉及党和国家机构改革。通过全面深化改革，我们已经在加强党的领导、推进依法治国、理顺政府和市场关系、健全国家治理体系、提高治理能力等方面及若干重要领域和关键环节取得重大突破。
同时，我们也要看到，党和国家机构职能中存在的一些深层次体制难题还没有解决；一些问题反映比较强烈、看得也比较准，但由于方方面面因素难以下决断；还有一些问题，由于以往主要是调整政府机构，受改革范围限制还没有涉及。随着全面深化改革不断推进，又出现一些新情况新问题，各方面对机构改革提出不少意见和建议，对深化党和国家机构改革呼声很高。
考虑到这些情况，2015年，我就要求中央全面深化改革领导小组对深化党和国家机构改革进行调研。去年7月，我就深化党和国家机构改革作出指示，强调随着全面深化改革不断推进，深化党和国家机构改革工作需要提上议事日程；这次机构改革，党政军群等方面要统筹考虑，可由中央全面深化改革领导小组牵头进行研究；首先应该进行深入调查，坚持问题导向，把各地区各部门各方面对机构改革的意见摸清楚，把机构设置存在的问题弄清楚，在此基础上科学拟定方案。
去年下半年以来，中央改革办、中央编办开展了调研论证，组成10个调研组，分赴31个省区市、71个中央和国家机关部门，当面听取了139位省部级主要负责同志的意见和建议；共向657个市县的1197位党委和政府主要负责同志个人发放了调研问卷，31个省区市的改革办、编办都提交了深化地方机构改革调研报告。
归纳调研成果，各方面认为，现行机构设置同国家治理体系和治理能力现代化的要求相比还有许多不适应的地方，“五位一体”总体布局、“四个全面”战略布局在机构设置上还没有充分体现。主要是：党的机构设置不够健全有力，党政机构职责重叠，仍存在叠床架屋问题，政府机构职责分散交叉，政府职能转变还不彻底，中央地方机构上下一般粗问题突出，群团改革、事业单位改革还未完全到位，等等。各地区各部门对全面加强党的领导、全面依法治国，优化自然资源资产管理、生态环境保护、市场监管、文化市场监管等方面体制的呼声很高。
各地区各部门认为，这次应该下更大决心，突出加强党的领导、理顺党政关系，统筹谋划机构设置，争取更明显的成效。主要是：加强党的统筹协调机构，对职能相近或密切相关的党政机构、事业单位进行适当整合，调整优化中央和国家机关有关部门职能，撤销职能弱化、职责有重复或阶段性任务已完成的机构，新设立部分机构，坚持全国统筹、上下联动推动机构改革，等等。
2017年12月11日，文件起草组召开第一次全体会议，文件起草工作正式启动。文件起草组深入开展专题研究论证，总结以往改革经验，吸收调研成果，反复讨论修改。其间，中央政治局常委会、中央政治局召开会议审议全会决定稿和方案稿。
根据中央政治局会议决定，2018年2月1日中央办公厅发出《关于对〈中共中央关于深化党和国家机构改革的决定〉稿征求意见的通知》，决定稿下发党内一定范围征求意见，包括征求党内老同志意见。我主持召开座谈会，当面听取各民主党派中央、全国工商联负责人和无党派人士代表的意见和建议。各有关单位共反馈书面报告117份，党外人士提交发言稿10份。
各地区各部门各方面一致表示，坚决拥护党中央关于深化党和国家机构改革的重大决策，完全赞同决定稿确定的指导思想、目标原则、总体部署。大家的意见主要包括。一是在中国特色社会主义进入“两个一百年”奋斗目标历史交汇期、改革开放40周年的关键时间节点，党中央从党和国家事业发展全局的战略高度，作出深化党和国家机构改革这一重大政治决策，顺应新时代发展要求，符合党心民心，非常必要，十分及时。二是这次深化党和国家机构改革紧扣加强党的长期执政能力建设，以加强党的全面领导为统领，以国家治理体系和治理能力现代化为导向，以推进党和国家机构职能优化协同高效为着力点，全面贯彻了党的十九大提出的重大战略目标、战略部署、战略任务，使机构设置和职能配置进一步适应统筹推进“五位一体”总体布局和协调推进“四个全面”战略布局的需要，必将对新时代坚持和发展中国特色社会主义产生重大的现实意义和深远的历史意义。三是这次深化党和国家机构改革坚持问题导向，聚焦一批长期想解决而没有解决的重大问题，既推动中央层面的改革、又促进地方和基层的改革，体现了加强党的长期执政能力建设和提高国家治理水平的有机统一、机构改革和制度完善的有机统一、原则性规定和战略性谋划的有机统一。四是要增强“四个意识”，坚定“四个自信”，坚持稳中求进，不折不扣抓好贯彻落实。
在征求意见过程中，各方面提出了许多好的意见和建议。经统计，各方面共提出修改意见641条，扣除重复意见后为550条，其中原则性意见143条，具体修改意见407条；具体修改意见中，实质性修改意见396条，文字性修改意见11条。党中央责成文件起草组认真梳理和研究这些意见和建议，对决定稿作出修改。文件起草组经过认真研究，共对决定稿作出171处修改，覆盖192条意见。中央政治局常委会会议、中央政治局会议先后审议了修改后的决定稿。方案稿也在听取有关方面意见和建议后作了调整完善。这两个文件稿，是在党中央领导下发扬民主、集思广益的结果，凝聚了各方面智慧。
这次提请全会审议的决定稿和方案稿，相互支撑、有机统一。决定稿是指导性文件，着重阐述深化机构改革的重大意义、指导思想、原则思路、目标任务。方案稿是规划图和施工图，提出深化党和国家机构改革的具体方案。
二、关于深化党和国家机构改革决定稿的主要考虑和基本框架
决定稿起草，突出了5个方面的考虑。一是适应新时代中国特色社会主义发展需要，落实党的十九大提出的深化党和国家机构改革的战略任务。二是以坚持和加强党的全面领导为主线，完善坚持党的全面领导的制度，把党的领导贯彻到党和国家机关全面正确履行职责各领域各环节。三是坚持统筹党政军群机构改革，站在新的历史起点上，突出改革的系统性、整体性、协同性。四是坚持问题导向，突出重要领域和关键环节，有什么问题就解决什么问题，看准的要下决心改，真正解决突出问题。五是坚持远近结合，既立足当前解决突出矛盾，也着眼长远解决体制机制问题。
全会决定稿共分三大板块，导语和第一部分、第二部分构成第一板块，属于总论，主要阐述深化党和国家机构改革的重大意义、指导思想、目标原则。第三至七部分构成第二板块，属于分论，主要从完善党的全面领导的制度、优化政府机构设置和职能配置、统筹党政军群机构改革、合理设置地方机构、推进机构编制法定化等5个方面，部署深化党和国家机构改革的主要任务和重大举措。第八部分构成第三板块，讲组织领导，主要阐述加强对深化党和国家机构改革的领导，对贯彻落实提出原则要求。
这里，我就决定稿涉及的几个问题介绍一下党中央的考虑。
第一，关于加强党的全面领导。这是深化党和国家机构改革必须坚持的重要原则。中国共产党领导是中国特色社会主义最本质的特征，是全党全国各族人民共同意志和根本利益的体现，是决胜全面建成小康社会、夺取新时代中国特色社会主义伟大胜利的根本保证。我们党在一个有着13亿多人口的大国长期执政，要保证国家统一、法制统一、政令统一、市场统一，要实现经济发展、政治清明、文化昌盛、社会公正、生态良好，要顺利推进新时代中国特色社会主义各项事业，必须完善坚持党的领导的体制机制，更好发挥党的领导这一最大优势，担负好进行伟大斗争、建设伟大工程、推进伟大事业、实现伟大梦想的重大职责。
在我国政治生活中，党是居于领导地位的，加强党的集中统一领导，支持人大、政府、政协和监察机关、审判机关、检察机关、人民团体、企事业单位、社会组织履行职能、开展工作、发挥作用，这两个方面是统一的。决定稿紧紧把握适应新时代中国特色社会主义发展要求，构建坚持党的全面领导、反映最广大人民根本利益的党和国家机构职能体系这一主线，着力从制度安排上发挥党的领导这个最大的体制优势，统筹考虑党和国家各类机构设置，协调好并发挥出各类机构职能作用，完善科学领导和决策、有效管理和执行的体制机制，确保党长期执政和国家长治久安。
全面加强党的领导同坚持以人民为中心是高度统一的。深化党和国家机构改革的目的是更好推进党和国家事业发展，更好满足人民日益增长的美好生活需要，更好推动人的全面发展、社会全面进步、人民共同富裕。要坚持人民主体地位，坚持立党为公、执政为民，贯彻党的群众路线，健全人民当家作主制度体系，完善为民谋利、为民办事、为民解忧和保障人民权益、接受人民监督的体制机制，为人民管理国家事务、管理经济文化事业、管理社会事务提供更有力的保障。
第二，关于优化协同高效。我们适应新时代新形势新要求，强调这次改革要坚持优化协同高效。优化就是机构职能要科学合理、权责一致，协同就是要有统有分、有主有次，高效就是要履职到位、流程通畅。只要这个目标达到了，该精简的就精简，该加强的就加强，而不是为了精简而精简。优化协同高效不仅是这次深化党和国家机构改革的原则要求，也是衡量改革能否达到预期目标的重要标准。
第三，关于理顺党政职责关系。这次改革的一个重要特点，就是统筹设置党政机构。决定稿提出坚持一类事项原则上由一个部门统筹，一件事情原则上由一个部门负责，避免政出多门、责任不明、推诿扯皮，科学设定党和国家机构，正确定位、合理分工、增强合力，防止机构重叠、职能重复、工作重合。党的有关机构可以同职能相近、联系紧密的其他部门统筹设置，实行合并设立或合署办公，使党和国家机构职能更加优化、权责更加协同、运行更加高效。
这次深化党和国家机构改革，有些中央决策议事协调机构的办事机构，就设在了国务院部门。这样做，有助于理顺党政机构职责关系，统筹调配资源，减少多头管理，减少职责分散交叉，使党政机构职能分工合理、责任明确、运转协调，形成统一高效的领导体制，保证党实施集中统一领导，保证其他机构协调联动。
第四，关于统筹党政军群机构改革。各级各类党政机构是一个有机整体。推进国家治理体系和治理能力现代化，必须统筹考虑党和国家机构设置，科学配置党政机构职责，理顺同群团、事业单位的关系，协调并发挥各类机构职能作用，形成适应新时代发展要求的党政群、事业单位机构新格局。前期党中央批准的国防和军队改革方案涉及政府机构改革的任务，还有正在实施的群团改革，也要结合这次深化党和国家机构改革落实好。
这次深化党和国家机构改革，是要统筹推进脖子以上机构改革和脖子以下机构改革，充分发挥中央和地方两个积极性，构建从中央到地方各级机构政令统一、运行顺畅、充满活力的工作体系。不同层级各有其职能重点，对那些由下级管理更为直接高效的事务，应该赋予地方更多自主权，这样既能充分调动地方积极性、因地制宜做好工作，又有利于中央部门集中精力抓大事、谋全局。要理顺中央和地方职责关系，中央加强宏观事务管理，地方在保证党中央令行禁止前提下管理好本地区事务，合理配置各层级间职能，构建简约高效的基层管理体制，保证有效贯彻落实党中央方针政策和国家法律法规。
第五，关于坚持改革和法治相统一。改革和法治是两个轮子，这就是全面深化改革和全面依法治国的辩证关系。深化党和国家机构改革，要做到改革和立法相统一、相促进，发挥法治规范和保障改革的作用，做到重大改革于法有据、依法依规进行。同时，要同步考虑改革涉及的立法问题，需要制定或修改法律的要通过法定程序进行，做到在法治下推进改革，在改革中完善法治。
三、关于深化党和国家机构改革方案稿的重点内容
方案稿对深化党和国家机构改革作出了整体部署。这里，我就方案稿涉及的重要领域和重要方面的机构改革作个说明。
第一，在完善党中央机构职能方面，主要推进以下改革。一是组建国家监察委员会。党的十九大对健全党和国家监督体系作出部署，目的就是要加强对权力运行的制约和监督，让人民监督权力，让权力在阳光下运行，把权力关进制度的笼子。在党和国家各项监督制度中，党内监督是第一位的。深化国家监察体制改革，目的是加强党对反腐败工作的统一领导，实现对所有行使公权力的公职人员监察全覆盖。国家监察委员会就是中国特色的国家反腐败机构。国家监察委员会同中央纪委合署办公，履行纪检、监察两项职责，实行一套工作机构、两个机关名称。不再保留监察部、国家预防腐败局。这项改革是事关全局的重大政治体制改革，具有鲜明的中国特色，展现了我们党自我革命的勇气和担当，意义重大而深远。
二是加强和优化党中央决策议事协调机构。党的十八大以来，党中央在全面深化改革、国家安全、网络安全、军民融合发展等涉及党和国家工作全局的重要领域成立决策议事协调机构，对加强党对相关工作的领导和统筹协调，起到至关重要的作用。方案稿提出，组建中央全面依法治国委员会，其办公室设在司法部；组建中央审计委员会，其办公室设在审计署；组建中央教育工作领导小组，其秘书组设在教育部；将中央全面深化改革领导小组、中央网络安全和信息化领导小组、中央财经领导小组、中央外事工作领导小组改为委员会，调整优化中央机构编制委员会领导体制。按主要战线、主要领域适当归并党中央决策议事协调机构，统一各委员会名称，目的就是加强党中央对重大工作的集中统一领导，确保党始终总揽全局、协调各方，确保党的领导更加坚强有力。
同时，不再设立中央维护海洋权益工作领导小组、不再设立中央社会治安综合治理委员会及其办公室、不再设立中央维护稳定工作领导小组及其办公室，有关职责交由相关职能部门承担。将中央防范和处理邪教问题领导小组及其办公室职责划归中央政法委员会、公安部。撤销有关议事协调机构，是为了理顺职责、整合力量，不是某方面工作不重要了，可以撒手不管了。有关部门要把工作承接好，把职责任务履行好。
三是优化整合党中央直属的机关党建、教育培训、党史研究等机构设置。长期以来，一些党的机构之间、党政机构之间、事业单位之间职责重叠、交叉分散的问题比较突出，一定程度上影响了工作效率。为加强中央和国家机关党的建设，合并中央直属机关工作委员会和中央国家机关工作委员会，组建中央和国家机关工作委员会，作为党中央派出机构，统一领导中央和国家机关各部门党的工作；合并中央党校和国家行政学院，组建新的中央党校（国家行政学院），实行一个机构两块牌子，作为党中央直属事业单位；合并中央党史研究室、中央文献研究室和中央编译局，组建中央党史和文献研究院，作为党中央直属事业单位，对外保留中央编译局牌子。
四是加强党中央职能部门的统一归口协调管理职能。方案稿坚持一类事项原则上由一个部门统筹，突出核心职能、整合相近职能、充实协调职能，调整党政机关设置和职能配置。为更好落实党管干部、管机构编制原则，加强党对公务员队伍和机构编制的集中统一领导，更好统筹干部、机构编制资源，由中央组织部统一管理公务员工作，统一管理中央编办。为加强党对重要宣传阵地的管理，牢牢掌握意识形态工作领导权，由中央宣传部统一管理新闻出版工作，统一管理电影工作，归口管理新组建的国家广播电视总局、中央广播电视总台。为加强党的集中统一领导，减少党政部门职责交叉，将国家宗教事务局、国务院侨务办公室并入中央统战部，统一管理宗教工作、侨务工作，同时由中央统战部统一领导国家民族事务委员会。这有利于把缺位的职责补齐，让交叉的职责清晰起来，提高工作效能。
第二，在完善国务院机构职能方面，主要推进以下改革。一是组建自然资源部。为落实绿水青山就是金山银山的理念，解决自然资源所有者不到位、空间性规划重叠、部门职责交叉重复等问题，实现山水林田湖草各类自然资源的整体保护、系统修复和综合治理，加强自然资源管理，将国土资源部的职责，国家发展和改革委员会的组织编制主体功能区规划职责，住房和城乡建设部的城乡规划管理职责，水利部的水资源调查和确权登记管理职责，农业部的草原资源调查和确权登记管理职责，国家林业局的森林、湿地等资源调查和确权登记管理职责，国家海洋局的职责，国家测绘地理信息局的职责整合，组建自然资源部，统一行使全民所有自然资源资产所有者职责，统一行使所有国土空间用途管制和生态保护修复职责。
二是组建生态环境部。为推动建设美丽中国、加强生态环境保护，将环境保护部职责同其他相关部门生态环境保护职责进行整合，组建生态环境部，统一行使生态和城乡各类污染排放监管和行政执法职责。国家应对气候变化及节能减排工作领导小组有关应对气候变化和减排方面的具体工作由生态环境部承担。
三是组建农业农村部。党的十九大明确提出要坚持农业农村优先发展，始终把解决好“三农”问题作为全党工作重中之重。为加强党对“三农”工作的集中统一领导，扎实实施乡村振兴战略，整合中央农村工作领导小组办公室、农业部、国家发展和改革委员会、财政部、国土资源部、水利部等相关涉农职责，组建农业农村部。中央农村工作领导小组办公室改设在农业农村部，承担中央农村工作领导小组日常工作。
四是组建文化和旅游部。发展中国特色社会主义文化，坚守中华文化立场，立足当代中国现实，结合当今时代条件，发展面向现代化、面向世界、面向未来的，民族的科学的大众的社会主义文化，是我们党的一项重要任务。为更好加强社会主义先进文化建设，弘扬中华优秀传统文化，将文化部、国家旅游局的职责整合，组建文化和旅游部。
五是组建国家卫生健康委员会。为更好为人民群众提供全方位全周期健康服务，将国家卫生和计划生育委员会、国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室、全国老龄工作委员会办公室等的职责整合，组建国家卫生健康委员会。不再设立国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室。
六是组建退役军人事务部。为让军人成为全社会尊崇的职业，维护军人军属合法权益，将民政部、人力资源和社会保障部以及中央军委政治工作部、后勤保障部有关职责整合，组建退役军人事务部。
七是组建应急管理部。我国是灾害多发频发的国家，必须把防范化解重特大安全风险，加强应急管理和能力建设，切实保障人民群众生命财产安全摆到重要位置。为提升防灾减灾救灾能力，将国家安全生产监督管理总局的职责和国办、公安部、民政部、国土资源部、水利部、农业部、林业局、中国地震局涉及应急管理的职责，以及国家防汛抗旱总指挥部、国家减灾委员会、国务院抗震救灾指挥部、国家森林防火指挥部的职责整合，组建应急管理部。主要负责国家应急管理及体系建设，组织开展防灾救灾减灾工作，承担国家应对特别重大灾害指挥部工作；负责安全生产综合监督管理和工矿商贸行业安全生产监督管理等。这样做，既考虑了我国实际情况，也借鉴了国外管理经验，有利于整合优化应急力量和资源，建成一支综合性常备应急骨干力量，推动形成统一指挥、专常兼备、反应灵敏、上下联动、平战结合的中国特色应急管理体制。公安消防部队、武警森林部队转制后，同安全生产等应急救援队伍一并作为综合性常备应急骨干力量，由应急管理部管理。发生一般性灾害时，由各级政府负责，应急管理部统一响应支援。发生特别重大灾害时，应急管理部作为指挥部，协助中央组织应急处置工作。
八是重新组建科学技术部。为加快建设创新型国家、优化配置科技资源、推动科技创新人才队伍建设，整合划入国家外国专家局的职责，国家自然科学基金委员会由科学技术部管理。
九是重新组建司法部。为更好贯彻落实全面依法治国基本方略、加强党对法治政府建设的领导，统筹行政立法、行政执法、法律事务管理和普法宣传，推动政府工作纳入法治轨道，将司法部和国务院法制办的职责整合，重新组建司法部。不再保留国务院法制办。
十是优化审计署职责。为整合审计监督力量、增强监管效能，将国家发展和改革委员会的重大项目稽查、财政部的中央预算执行情况和其他财政收支情况的监督检查、国务院国有资产监督管理委员会的国有企业领导干部经济责任审计和国有重点大型企业监事会的职责划入审计署，相应对派出审计监督力量进行整合优化，形成统一高效的审计监督体系。不再设立国有重点大型企业监事会。
十一是组建国家市场监督管理总局、重新组建国家知识产权局。党的十八大以来，不少地方在改革市场监管体系、实行统一的市场监管和综合执法方面进行了创新探索，效果是好的。为加强和改善市场监管，将国家工商行政管理总局、国家质量监督检验检疫总局、国家食品药品监督管理总局市场管理的相关职责，国家发展和改革委员会的价格监督检查与反垄断执法职责，商务部的经营者集中反垄断执法以及国务院反垄断委员会办公室等职责整合，组建国家市场监督管理总局，作为国务院直属机构，负责市场综合监督管理，承担反垄断统一执法，组织实施质量强国战略，负责工业产品质量安全、食品安全、特种设备安全监管，统一管理计量标准、检验检测、认证认可工作等。考虑到药品监管的特殊性，单独设置国家药品监督管理局，由国家市场监督管理总局管理。为强化知识产权创造、保护、运用，将国家知识产权局的职责、国家工商行政管理总局商标管理的职责、国家质量监督检验检疫总局原产地地理标志管理的职责整合，重新组建国家知识产权局，由国家市场监督管理总局管理。
十二是组建国家广播电视总局、中央广播电视总台。在国家新闻出版广电总局广播电视管理职责基础上，组建国家广播电视总局，作为国务院直属机构。整合中央电视台（中国国际电视台）、中央人民广播电台、中国国际广播电台，组建中央广播电视总台，作为国务院直属事业单位。这项改革的目的是要增强广播电视媒体整体实力和竞争力，推动广播电视媒体、新兴媒体融合发展，加快国际传播能力建设，讲好中国故事，传播中国声音。
十三是组建中国银行保险监督管理委员会。近年来，我国金融业发展明显加快，形成了多样化的金融机构体系、复杂的产品结构体系、信息化的交易体系、更加开放的金融市场，对现行的分业监管体制带来重大挑战。为优化监管资源配置，更好统筹系统重要性金融机构监管，逐步建立符合现代金融特点、统筹协调监管、有力有效的现代金融监管框架，守住不发生系统性金融风险的底线，将中国银行业监督管理委员会和中国保险监督管理委员会的职责整合，组建中国银行保险监督管理委员会，作为国务院直属事业单位。不再保留中国银行业监督管理委员会、中国保险监督管理委员会。
十四是组建国家国际发展合作署。对外援助是大国外交的重要手段，我国将继续发挥负责任大国作用，加大对发展中国家特别是最不发达国家援助力度，促进缩小南北发展差距。为加强对外援助的战略谋划和统筹协调，更好服务于国家外交总体布局和“一带一路”等，将商务部、外交部等对外援助有关职责整合，组建国家国际发展合作署。援外工作具有高度战略性、政治性、政策敏感性，必须坚持党中央集中统一领导，对外援助的具体执行工作仍由外交部、商务部等部门按现行分工承担。
十五是组建国家医疗保障局，调整理顺社保基金理事会隶属关系。实行医疗、医保、医药联动，是深化医药卫生体制改革的重要目标。为完善统一的城乡居民基本医疗保险制度和大病保险制度，更好保障病有所医，将人力资源和社会保障部的城镇职工和城镇居民基本医疗保险、生育保险职责，国家卫生和计划生育委员会的新型农村合作医疗职责，国家发展和改革委员会的药品和医疗服务价格管理职责，民政部的医疗救助职责整合，组建国家医疗保障局，作为国务院直属机构。社会保障基金是国家社会保障储备基金，将社保基金理事会由国务院直属事业单位调整为财政部管理，作为基金投资运营机构，不再明确行政级别。
十六是组建国家粮食和物资储备局。为加强国家储备的统筹规划、提升国家储备防范和应对突发事件的能力，将国家粮食局的职责，国家发展和改革委员会的组织实施国家战略物资收储、轮换和管理，管理国家粮食、棉花和食糖储备等职责，以及民政部、商务部、国家能源局等部门的组织实施战略和应急储备物资收储、轮换和日常管理职责整合，组建国家粮食和物资储备局，由国家发展和改革委员会管理。
十七是组建国家移民管理局。随着我国综合国力不断提升，来华工作生活的外国人不断增加，对做好移民管理服务提出新要求。为加强对移民及出入境管理的统筹协调，整合公安部出入境管理、边防检查职责，加强有关移民政策的统筹协调，组建国家移民管理局，加挂中华人民共和国出入境管理局牌子，由公安部管理。
十八是组建国家林业和草原局。国家林业和草原局监督管理森林、草原、湿地、荒漠和陆生野生动植物资源开发利用和保护，组织生态保护和修复，开展造林绿化工作，管理国家公园等各类自然保护地等。
十九是改革国税地税征管体制。将省级和省级以下国税地税机构合并，承担所辖区域内各项税收、非税收入征管职责。国税地税合并后，实行以国家税务总局为主与省区市人民政府双重领导管理体制。
二十是推进综合执法。按照减少层次、整合队伍、提高效率的原则，推动按领域或职责任务相近领域整合执法队伍，实行综合设置。这次改革整合组建市场监管综合执法、生态环保综合执法、文化市场综合执法、交通运输综合执法、农业综合执法等5支队伍。
为理顺职责关系，加强对重大水利工程建设和运行的统一管理，将国务院三峡工程建设委员会及其办公室、国务院南水北调工程建设委员会及其办公室相关职责并入水利部，不再保留国务院三峡工程建设委员会及其办公室、国务院南水北调工程建设委员会及其办公室。
第三，在全国人大、全国政协专门委员会设置方面，主要进行以下改革。人民代表大会制度是坚持党的领导、人民当家作主、依法治国有机统一的根本政治制度安排。要适应新时代社会主要矛盾变化，健全完善全国人大专门委员会设置。组建全国人大社会建设委员会，将全国人大内务司法委员会更名为全国人大监察和司法委员会，将全国人大法律委员会更名为全国人大宪法和法律委员会。
人民政协是具有中国特色的制度安排，是社会主义协商民主的重要渠道和专门协商机构。为适应党和国家战略部署需要，增强人民政协界别的代表性，组建全国政协农业和农村委员会，将全国政协文史和学习委员会更名为全国政协文化文史和学习委员会，全国政协教科文卫体委员会更名为全国政协教科卫体委员会。
第四，在跨军地改革方面，主要进行以下改革。为全面落实党对人民解放军和其他武装力量的绝对领导，按照军是军、警是警、民是民原则，安排公安边防部队、公安消防部队、公安警卫部队退出现役，公安边防部队、警卫部队转为警察；公安消防部队划归应急管理部，实行专门管理和政策保障。安排海警队伍转隶武警部队。安排武警森林、黄金部队退出现役，转为专业队伍，分别由应急管理部和自然资源部管理。安排武警水电部队退出现役，转为国有企业，由国务院国资委管理。撤收武警部队海关执勤兵力。对需要政府承接和配合的任务，要在国务院机构改革中做好统筹协调和有效衔接，结合这些武警部队的不同功能定位和专业特点，采取不同的改革方式，确定各自的管理体制和管理模式。
改革后，党中央机构共计减少6个，其中，正部级机构减少4个、副部级机构减少2个。国务院机构共计减少15个，其中，正部级机构减少8个，副部级机构减少7个。党政合计，共计减少21个部级机构，其中，正部级12个，副部级9个。全国人大和全国政协各增加1个专门委员会。
此外，方案还就继续深入推进群团改革、统筹推进地方机构改革提出了原则要求，明确了路线图、时间表，要结合实际贯彻落实。
总的看，这次深化机构改革是一场系统性、整体性、重构性的变革，力度规模之大、涉及范围之广、触及利益之深前所未有，既有当下“改”的举措，又有长久“立”的设计，是一个比较全面、比较彻底、比较可行的改革顶层设计。深化党和国家机构改革是要动奶酪的、是要触动利益的，也是真刀真枪的，是需要拿出自我革新的勇气和胸怀的。大家要坚持从大局出发考虑问题，从党和国家事业发展出发考虑问题，从让人民群众过上美好生活出发考虑问题，全面理解和正确对待深化党和国家机构改革方案提出的重大举措，深刻领会有关改革的重大意义，自觉支持改革、拥护改革，认真负责提出建设性意见和建议。
